目前看，国家体育总局系统最被诟病的一点就是，运动协会无法独立存在，只能依附于各个体育运动管理中心，这往往形成体育运动管理中心和单项体育运动协会“一套人马、两块牌子”的局面，并直接导致各个中心政事不分、政企不分。这也是伍绍祖任内初步实行管办分离后需要进一步深化改革的地方。但从根源上讲，这也国家体育总局（行政单位）、中华体育总会（社会团体）、中国奥委会（体育对外交流机构）“一套人马、三块牌子”的局面密不可分。在日常工作中，体育总局是哪块牌子好用就用哪块，但也产生了体育总局多重身份、权、责、利不分的情况，越位、缺位、不到位的弊病也逐渐显露。所以，从长远角度来看，现任局长苟仲文的使命就是要革体育总局自己的命。

在理想状态下，未来的运动协会能够实现全面的实体化、去行政化能够完全独立负责本项目的全面发展和管理。包括运动员、教练员的选拔和培养、赛事管理、市场开发、场馆建设与维护、经费使用等职责均由协会自己完成。而未来的体育管理系统会形成如此格局：中华全国体育总会负责群众体育、体育宣传、科技、教育等事务；中国奥委会负责竞技体育、运动员参加奥运会、参与国际组织等事务；而国家体育总局在释放大部分行政职权后则并入教育部，全面破除中国教育长期以来体教分离的顽疾。换言之，体育总局改革的最终目标就是让体育总局这个中国体育的行政管理机关消失。

客观来看，上述理想局面恐非苟仲文任内所即可实现，但苟仲文可以打下坚实的基础。将体育总局系统改革分成两步走思路。第一步，深化伍绍祖时代《国家体委关于深化体育改革的意见》的措施，逐步把各个体育项目管理中心的职权移交给体育协会，进而实现协会实体化、去行政化，然后取消体育运动管理中心，转而在国家体育总局竞技体育司下面按照各个项目增设各个处室；第二步，打破国家体育总局“一套人马、三块牌子”的局面。国家体育总局安排那些全面发展的体育协会直接和全国体育总会、中国奥委会合作。其中，中华全国体育总会负责群众体育、体育宣传、科技、教育等事务；中国奥委会负责竞技体育、运动员参加奥运会、参与国际组织等事务；大幅度“瘦身”的体育总局则携带自身剩余的行政职责并入国家教育部，成为体卫艺司的一部分，从而打破自1952年以来中国教育长期存在的体教分离的局面。

新的格局是：社团性质的中华体育总会；体育对外交流的中国奥委会；带有行政管理性质的教育部。